Dưới 7 tuổi, hệ tiêu hóa cũng như hệ miễn dịch của trẻ chưa hoàn thiện, trẻ dễ mắc các bệnh, nhất là bệnh về đường tiêu hóa và hô hấp. Khi trẻ bị mắc các bệnh nhiễm trùng, phải sử dụng nhiều kháng sinh sẽ khiến hệ vi sinh đường ruột mất cân đối. Các thuốc kháng sinh ngoài tiêu diệt vi khuẩn gây bệnh cũng sẽ tiêu diệt ít nhiều các vi khuẩn có lợi. Sử dụng thường xuyên với kháng sinh cũng có thể gây nên sự kháng thuốc của vi khuẩn. Bên cạnh đó, nhiễm trùng, nhiễm khuẩn khiến gia tăng nhanh số lượng vi khuẩn có hại trong đường ruột, dẫn đến mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột. [2], [4]
Chế độ dinh dưỡng cũng là một nguyên nhân gây mất cân đối hệ vi sinh đường ruột. Thông tin của Viện Dinh dưỡng cho biết, chế độ ăn nhiều thực phẩm chế biến sẵn, ăn những thực nghèo dinh dưỡng và giàu calo đều có thể làm giảm tỷ lệ lợi khuẩn và tăng tỷ lệ hại khuẩn trong hệ vi sinh vật đường ruột. Những thực phẩm không an toàn cũng tạo nguy cơ đưa thêm hại khuẩn vào cơ thể. Khẩu phần ăn không hợp lý, ăn quá nhiều chất đạm, bột đường, dầu mỡ, ăn ít chất xơ thực vật (vốn là thức ăn cho lợi khuẩn) khiến thức ăn không được tiêu hóa hết, sẽ tồn đọng lâu trong ống tiêu hóa cũng làm gia tăng tỷ lệ hại khuẩn [3], [4].
Một số thói quen không tốt khi ăn uống thường gặp ở trẻ cũng có thể khiến mất cân đối hệ vi sinh đường ruột. Trẻ ngậm thức ăn, vừa ăn vừa chơi, ăn quá nhanh, nhai không kỹ, nuốt chửng khiến hệ tiêu hóa quá tải, men tiêu hóa làm việc không tốt gây chướng bụng – đầy hơi…, ảnh hưởng hệ vi sinh và hiệu suất tiêu hóa [4].